Docker - нет crontab для root

Это проблема с файлом dockerfile (а не с командами в файле).Единственный CMD выполняется (последний) - см. https://docs.docker.com/engine/reference/builder/#cmd

В файле Dockerfile может быть только одна команда CMD. Если вы перечислите более одного CMD, то вступит в силу только последний CMD.