Хорошо, я чувствую себя действительно глупо. Еще до того, как я опубликовал этот вопрос, мой друг показал мне, как это сделать, и это действительно просто. Чтобы исключить несколько каталогов, вы просто используете несколько --exclude=path переключатели. Итак, моя команда, правильно написанная выше, выглядит следующим образом:
rsync -arv --exclude=.ccache --exclude=build /home/ben /media/ben/thumbdrive/Примечание: Используйте относительные пути с помощью exclude. Пути указаны относительно исходного каталога, здесь /home/ben.