По стечению обстоятельств мне просто пришлось это сделать. Вам действительно нужно преобразовать ключи в формат OpenSSH. Команда для этого такова:
ssh-keygen -i -f puttygen_key > openssh_keyзатем вы можете скопировать содержимое openssh_key в к .ssh/authorized_keys так же, как и с обычным SSH-ключом.
То -i вариант - это тот, который говорит ssh-keygen чтобы выполнить преобразование. То -f опция сообщает ему, где найти ключ для преобразования.
Это работает для незашифрованный ключи. Открытый ключ не зашифрован, но закрытый ключ, вероятно, зашифрован. Я не уверен, есть ли способ расшифровать закрытый ключ, преобразовать его, а затем повторно зашифровать. Вполне может быть проще использовать новые ключи, как предполагает другой ответ (и я бы рекомендовал использовать ssh-agent хотя это ортогонально текущей проблеме).