Это действительно больше подходит для SSH (как указывали другие), но если вы твердо решили использовать ftp, попробуйте lftp. Он свободно доступен для всех поддерживаемых в настоящее время версий Ubuntu. Вы можете установить его с помощью команды sudo apt install lftp
lftp -u username,password -e "your command;quit" ftp.site.comlftp документирует -c переключатель, который запускает команду, а затем завершает работу, но, похоже, он сломан в большинстве дистрибутивов. -e будет держать вас на связи, если вы не выдадите quit.