Как удалить nodejs из Ubuntu 16.04?

Как видно из выходных данных:

sudo apt-get purge nodejs

это всего лишь удаление node связанные пакеты, то есть соответствующие пакеты, не более того.

С другой стороны, когда вы делаете:

sudo apt-get purge --auto-remove nodejs

это, по сути, делает:

sudo apt-get purge nodejssudo apt-get autoremove

и удаление из gyp, linux-headers-4.4.0-18-generic пакеты etc фактически запускаются с помощью autoremove поскольку они были установлены как зависимости и больше не нужны ни одному установленному пакету, предположительно, потому, что основной пакет был удален.

Так что в этом контексте совершенно нормально запускать:

sudo apt-get purge --auto-remove nodejs

Если вы слишком параноик, вы можете сделать это в два этапа: сначала purge nodejs:

sudo apt-get purge nodejs

а затем удалите сиротские зависимости (до сих пор, если таковые имеются):

sudo apt-get autoremove