Ваш хостинг-провайдер блокирует ntp-пакеты. Этот жесткий подход был применен некоторыми интернет-провайдерами в ответ на DDoS-атаки. Вы можете видеть, что ntpdate отправляет пакеты из ntpdate -vd :
transmit(91.189.94.4)transmit(91.189.89.199)transmit(91.189.94.4)transmit(91.189.89.199)
Я бы связался с вашим провайдером и спросил, блокируют ли они внешние запросы ntp и есть ли у них локальный сервер, который вы можете использовать для синхронизации времени.
Есть еще пара неясных возможностей, но их трудно исключить, поскольку вы не публиковали никаких журналов из системного журнала.