Это разрушает модель безопасности, которая существует уже много лет. Приложения предназначены для запуска с неадминистративной безопасностью (или как простые смертные), поэтому вам необходимо повысить их привилегии, чтобы изменить базовую систему. Например, вы бы не хотели, чтобы недавний сбой Rhythmbox уничтожил весь ваш /usr каталог из-за ошибки. Или та уязвимость, которая только что была опубликована в ProFTPD, чтобы позволить злоумышленнику получить корневую оболочку.
Просто в любой операционной системе рекомендуется запускать приложения на уровне пользователя и оставлять административные задачи пользователю root, и только по мере необходимости.