Почему при этом не отображаются скрытые файлы / папки?

2

Воспользуйся

du -sch .[!.]* * |sort -h

в вашей домашней папке.

В качестве альтернативы, команда, которую я использую чаще всего, - это

ncdu

Простота установки при необходимости: 

sudo apt-get install ncdu