Почему я не могу перейти к каталогу с помощью docker run?

Вы можете использовать -w возможность изменить свой рабочий каталог.

docker run  -w, --workdir=""           Working directory inside the container

Итак, в вашем случае вы бы побежали:

sudo docker run -w /local/deploy/decomposer -P ubuntu/decomposer ./decomposer-4-15-2014