Я понял ваш вопрос следующим образом: "Почему эти переменные называются PUID и PGID вместо UID и GID"? На самом деле их вообще можно было назвать как угодно. Ни Docker, ни Linux это не волнует. Это приложение решает, что с ними делать.
Дальнейшие поиски показали, что это всего лишь соглашение, и некоторые приложения делают свое дело. Например, одно приложение использует переменные окружения MAY_USER_UID и MAY_USER_GID соответственно.