Создание символической ссылки из одной папки в другую с разными именами?

От man ln:

По умолчанию каждый пункт назначения (имя новой ссылки) еще не должен существовать.

Поскольку у вас уже есть каталог с именем html, ссылка будет создана внутри /var/www/html имеющий имя цели, т.е. project.

Если вы хотите иметь символическую ссылку /var/www/html указывая на /home/user/project тогда у вас не должно быть каталога html присутствуйте заранее. Итак, у вас должно быть только /var/www а затем выполнение следующего действия создаст желаемую символическую ссылку (не делайте этого, если вы не уверены):

ln -s /home/user/project /var/www/html

Вот пример:

$ pwd/home/user/test/askubuntu$ ls -ltotal 4drwxrwxr-x 2 user user 4096 Mar 25 00:16 foo$ ln -s /home/user/test/bar /home/user/test/askubuntu/foo$ ls -ltotal 4drwxrwxr-x 2 user user 4096 Mar 25 00:17 foo$ cd foo/$ ls -ltotal 0lrwxrwxrwx 1 user user 25 Mar 25 00:17 bar -> /home/user/test/bar$ cd ..$ rm -r foo/$ ls -ltotal 0$ ln -s /home/user/test/bar /home/user/test/askubuntu/foo$ ls -ltotal 0lrwxrwxrwx 1 user user 25 Mar 25 00:18 foo -> /home/user/test/bar

И да, вы можете создавать символические ссылки на скрытые файлы.