Как мне остановить автоматический запуск Apache2 при загрузке?

вы могли бы просто отключить его с помощью:

sudo update-rc.d apache2 disable

а затем, если вы хотите включить его снова:

sudo update-rc.d apache2 enable

в зависимости от проекта, над которым я работаю, удобно иметь удобный доступ к сервису, если я захочу его повторно включить.