13.10+:
Установка и использование gnome-tweak-tool> Keyboard & Mouse> Keyboard> Additional Layout Options> Caps Lock behavior.
До 13.10:
Откройте диалоговое окно Настроек клавиатуры (System -> Preferences -> Keyboard). На вкладке макет щелкните по Options... кнопка. Разверните Ctrl key position раздел и выберите Swap Ctrl and Caps Lock.
Эти настройки должны применяться при каждом входе в систему и будут влиять только на вашу учетную запись пользователя.