Попробуйте использовать ntfsfix, который был частью старого ntfsprogs пакет и теперь находится в ntfs-3g пакет (который вы, возможно, уже установили).
Это утилита командной строки, которая пытается устранить распространенные проблемы NTFS. Прошло много времени с тех пор, как я в последний раз использовал его, но он должен выполнять свою работу, просто набрав:
sudo ntfsfix /dev/sdb1Он также предлагает специальную опцию для снятия флага "грязный" на разделе:
sudo ntfsfix -d /dev/sdb1который может потребоваться или не потребоваться в дополнение к первой команде. Взгляните на man ntfsfix для получения дополнительной информации.