Это в значительной степени так - apt-get позаботится обо всем. Когда вы устанавливаете какой-либо пакет с apt-get или dpkg должны быть сценарии предустановки и постустановки, которые поставляются вместе с пакетом и запускаются автоматически для настройки любой программы, которую вы получаете.
Создание папки
Создание папки (в терминологии Linux - каталога), как и создание файла, зависит от разрешений. Если у папки есть следующие разрешения,
drwxr-xr-x 15 testuser testuser 4096 Nov 22 12:34 testuser/
это означает, что владелец этой папки testuser может читать-записывать-выполнять там что-то (сначала rwx), и группа testuser может только читать и выполнять там что-то - это r-x часть и заключительная r-x часть означает выполнение чтения для любых других групп или пользователей.
/usr папка принадлежит пользователю root, поэтому только root может записывать туда, что означает создание файлов или папок. Следовательно, для этого вам нужно sudo чтобы временно получить права суперпользователя.
gksudo pcmanfm попросит вас ввести свой пароль, затем откройте PCManFM как корень, что несколько опасно, потому что, если вы не будете осторожны, вы можете непреднамеренно изменить системные файлы.