Запустите проводник файлов от имени пользователя root с помощью:
gksudo nautilusЭто откроет ваш проводник и предоставит ему права root, поэтому он должен иметь возможность просматривать / удалять каталог / файл.
Если вы похожи на меня, и вас не волнуют предупреждения в этот вопрос вы можете использовать это вместо этого:
sudo nautilus