Пожалуйста, прочтите этот раздел в Ubuntu wiki. Вам нужно будет настроить свой apache2.conf, чтобы заставить phpMyAdmin работать.
gksu gedit /etc/apache2/apache2.conf
Затем добавьте следующую строку в конец файла.
Include /etc/phpmyadmin/apache.conf
Затем перезапустите apache
/etc/init.d/apache2 restart