Короткий ответ: "это не имеет большого значения".
Схема разделения MBR позволяет вам иметь до 4 разделов на диске, один из этих разделов может быть "расширенным разделом", который действует как контейнер для любого количества "логических разделов". Разделы, которые не находятся внутри расширенного раздела, называются "первичными разделами".
Нет никакой разницы в том, как они функционируют или что-то в этом роде. Итак, если у вас нет конкретных причин, просто выберите вариант по умолчанию.